1994年，执导个人第一部剧情片《浅坟》，该片获得西班牙影展银贝壳奖、第48届英国电影和电视艺术学院奖亚历山大·柯达奖最佳英国电影。

1996年，执导个人第二部剧情片《猜火车》，该片由伊万·麦克格雷格、艾文·布莱纳合作主演，获得第49届英国电影和电视艺术学院亚历山大·柯达奖最佳英国电影，丹尼·博伊尔凭借此片获得西雅图影展最佳导演奖。

1997年，执导由伊万·麦克格雷格、霍利·亨特合作主演的爱情片《天使爱情鸟笼伴》。

2000年，执导以展现真实人性的爱与自私为主题的冒险片《海滩》，该片由莱昂纳多·迪卡普里奥、维吉妮·拉朵嫣、蒂尔达·斯文顿等联合主演，获得第50届柏林国际电影节金熊奖提名。

2001年，执导剧情片《妓女》。同年，拍摄由蒂莫西·斯波主演的剧情片《赤裸的真空天堂》。

2002年，丹尼·博伊尔拍摄惊悚科幻片《惊变28天》，获得第30届土星奖最佳导演提名、第16届欧洲电影奖观众奖-最佳导演提名。2004年，执导由亚历克斯·伊特尔、刘易斯·麦吉本、詹姆斯·内斯比特联合主演的奇幻喜剧片《百万小富翁》。

2007年，执导太空灾难科幻片《太阳浩劫》，该片由希里安·墨菲、杨紫琼、真田广之等联袂主演，获得第34届土星奖最佳科幻电影提名。2008年，丹尼·博伊尔执导爱情片《贫民窟的百万富翁》，该片由戴夫·帕特尔、芙蕾达·平托、亚尼·卡普等联袂出演，获得第81届8项奥斯卡奖。

2009年，担任第12届上海国际电影节“金爵奖”评委会主席。

2010年，执导以真实故事为题材的冒险片《127小时》，该片获得第64届美国电影电视金球奖提名和第83届奥斯卡奖-最佳影片提名。2012年，丹尼·博伊尔担任第30届伦敦奥运会开幕式艺术总监总导演，获得第65届艾美奖-综艺/非剧情类节目最佳艺术指导。

2013年，执导翻拍自同名英国电影的悬疑片《恍惚》，该片由詹姆斯·麦卡沃伊、罗莎里奥·道森、文森·卡索主演。2015年，执导由三段故事组成的传记片《史蒂夫·乔布斯》，该片由迈克尔·法斯宾德、凯特·温斯莱特、塞斯·罗根等联袂主演，获得MTV电影奖最佳真实故事提名。

2018年，确认执导下一部007电影——《邦德25》。